Оптичний мікроскоп дозволяє спостерігати лише великі органоїди: пластиди та ядро клітини. Електронна мікроскопія дає можливість вивчати дуже малі органоїди: мітохондрії, рибосоми, а також окремі структури цитоплазми (ендоплазматичну мережу, апарат Гольджі).
Які органоїди виявлені з допомогою електронного мікроскопа Як з'ясувалося, у клітини є й інші важливі елементи. Зокрема, це такі органели (постійні компоненти клітини), як мітохондрії та рибосоми, а також частини структури цитоплазми (апарат Гольджі, ендоплазматична мережа)
Історія розвитку електронного мікроскопа Кнолль та Ернст Руска побудували перший прототип сучасного приладу. Ця робота Руски в 1986 році була відзначена Нобелівською премією з фізики, яку присудили йому та винахідникам скануючого зондового. мікроскопа Герду Карлу Біннігу та Генріху Рореру.
Електронна мікроскопія – один із методів дослідження мікроструктури твердих тіл, їх електричних та магнітних полів, локального складу із застосуванням сукупності електронно-зондових методів.