Куполи собору Василя Блаженного Цегляний храм має 11 куполів. При цьому безпосередньо над ним розташовано 9 відповідно до кількості престолів; і головний купол у центрі – над престолом Покрови Богородиці. Десятий купол знаходиться над прибудовою Василя Блаженного, а останній над дзвіницею.

За припущенням російського письменника Миколи Чаєва (1824 – 1914), колір куполів пояснюється сном блаженного Андрія Юродивого (Константинопольського), якому здався Небесний Єрусалим із садами з безліччю квітучих дерев та плодів невимовної краси.

У центрі височіє дев'ята церква з маленьким главком на честь Покрови Божої Матері. У 17 столітті було збудовано дзвіницю з шатровим куполом. Враховуючи цей купол, на храмі — 10 куполів. Північна церква освячена в ім'я Кіпріана та Устини, а пізніше – в ім'я святого Андріана та Наталії.

Храм має складну структуру. Головна стовпоподібна церква на честь Покрови Божої Матері, з чотирьох сторін оточена осьовими церквами, між якими ще чотири церкви меншого розміру. У другій половині XVII століття до комплексу було прибудовано Шатрову дзвіницю.