Виводиться марганець із організму печиво разом з калом.
Марганець швидко залишає кров'яне русло, у тканинах присутній, головним чином, у мітохондріях клітин. У підвищених кількостях він знаходиться у печінці, трубчастих кістках, підшлунковій залозі, нирках. Виводиться марганець з калом, потім сечею. Середньодобова потреба в марганці людини становить 25-5 мг.
Марганець активно впливає на обмін білків, вуглеводів та жирів. Важливою також вважається його здатність посилювати дію інсуліну та підтримувати певний рівень холестерину у крові. У присутності марганцю організм повніше використовує жири, підвищується засвоюваність міді.