Шульган–Таш – Унікальний культурно-історичний об'єкт На території заповідника знаходиться унікальна карстова Капова печера, або Шульган–Таш. Протяжність усіх ходів печери становить понад 2,9 км. Печера має три яруси, усередині печери протікає річка Підземний Шульганяка утворила цю печеру.
Заповідник «Шульган–Таш» був створений у 1986 на місці однієї з ділянок Башкирської. заповідника. Основний об'єкт охорони у заповіднику – місцева популяція башкирських диких бджіл. Це єдиний заповідник у світі з таким оригінальним об'єктом охорони.
Олександр Рюмін У 1959 році працівник заповідника, зоолог Олександр Рюмін виявив у Каповій печері (місцеві жителі називають її Шульган–Таш) малюнки, створені приблизно 14-17 тисяч років тому.