Який лікар призначає та робить ендоскопію залежить від передбачуваного діагнозу. Це може бути гастроентеролог, проктолог, лор, уролог, гінеколог чи пульмонолог. Багато лікарів мають додаткову спеціалізацію ендоскопіста та проводять обстеження самостійно.